RMARKDOWN

En la última unidad de este curso introductorio a R y R Studio, vamos a ver un tema super útlil a la hora de comunicar nuestros resultados, presentar informes, entregar trabajos. En general, nos desmienten si no corresponde, el flujo de trabajo tradiccional para presentar nuestros resultados es super engorroso, involucra varios programas y tiene un componente manual muy importante, el Ctrl + C y Ctrl + V. Es lo que más aplicamos en este flujo. Esto genera varios problemas, se pierde la trazabilidad del dato y si tenemos que replicar el trabajo es tarea de experto en rompecabezas: hay que unir los pedazos haciendo malabares.

Por el contrario R, en conjunto con Rstudio, facilitan mucho la vida porque en el mismo software: leemos los archivos, los transformamos, creamos visualizaciones y compartimos los resultados.



“En general, nos desmienten si no corresponde, el flujo de trabajo tradiccional para presentar nuestros resultados es super engorroso, involucra varios programas y tiene un componente manual muy importante, el Ctrl + C y Ctrl + V.”



Markdown es un lenguaje de marcación ligero que permite de una manera sencilla dar formato a un texto con una serie de instrucciónes claves. Para pensarlo con un ejemplo de la vida cotidiana, es muy similar a como formateamos un mensaje de Whatsapp.


Rmarkdown es una librería que nos permite utlizar Markdown en conjunto con R y Rstudio. Así podemos escribir texto enriqueciendolo con formatos, con imagenes, videos, gif’s, links y además podemos incrustar código de R y de otros lenguajes de programación, ejecutarlos y visualizar sus resultados.

Aquí podemos consultar el libro Rmarkdon La guía definitiva.

¿Qué podemos hacer con Rmarkdown?

Existe una gama muy interesante de salidas. Podemos convertir nuestros textos enriquecidos en archivos:

El tipo de salida HTML es el que vamos a utilizar en este curso y es el más completo.

La librerías que nos permiten trabajar con Markdown en R son rmarkdown y knitr. Tendriamos que instalarlas en caso de no tenerlas y activarlas.

install.packages(c("rmarkdown", "knitr"))
library(rmarkdown)
library(knitr)

CONTENIDOS

1. PRIMER ACERCAMIENTO
1.1. ¿Qué es rmarkdown?
1.2. Uso de texto
1.3. Bloques de código: chunk


PRIMER ACERCAMIENTO

1.1. ¿QUÉ ES RMARKDOWN?


Trabajar con Rmarkdown en Rstudio es muy sencillo e intuitivo, para comenzar tenemos que abrir un archivo desde File, New File, R Markdown… o directamente desde el logo de New file como se ve en la siguiente imaginen.


Allí se nos abre una ventana emergente donde podemos seleccionar las opciones del documento que vamos a crear. Le damos un nombre al archivo, escribimos el nombre del o la creadora y seleccionamos el formato de salida del archivo, como comentamos antes tenemos varias opciones, nosotros vamos a seleccionar la salida HTML


Una vez que aceptamos se nos abre un archivo sin titulo en donde veniamos escribiendo los scripts de R, en este caso la extensión del archivo es .Rmd. El mismo, contiene una breve introducción y ejemplos de como podemos agregar código y visualizar los resultados. Demos una mirada a este archivo:


Observamos en la imagen un archivo de un estilo diferente. En primer lugar tenemos nuevas opciones en la barra superior del documento.

Por otro lado veamos el contenido del archivo, podemos distinguir tres componentes principales:

1.2. USO DE TEXTO


Entre las opciones de texto, la primera que encontramos es la opción de incorporar titulos y subititulos.

Encabezados en Rmarkdown

# TITULO 1

TITULO 1

## TITULO 2

TITULO 2

### TITULO 3

TITULO 3

Si queremos escribir listas sin orden podemos hacerlo comenzando la linea con *, - o +.

* item
* item 
* item 
    * item
    * item

Resultado:

  • item
  • item
  • item
    • item
    • item

Para listas ordenadas lo podemos hacer de la siguiente manera.

1. item 1
2. item 2
3. item 3
    a. item 3 a
    b. item 3 b

Resultado:

  1. item 1
  2. item 2
  3. item 3
    1. item 3 a
    2. item 3 b

Para enriquecer el texto tenemos las siguientes opciones.

Rmarkdown
Entrada Salida
*cursiva* cursiva
_cursiva_ cursiva
**negrita** negrita
__negrita__ negrita

Podemo agregar citas:

> "Todo lo sólido se desvanece en el aire."
>
> --- Karl Marx

“Todo lo sólido se desvanece en el aire.”

— Karl Marx

Tambien podemos hacer tablas sencillas con la sintáxis propia de Rmarkdown.

Hacemos nuestra tabla


 **Columna 1** |  **Columna 2** | 
---------------| ---------------|
*Fila 1* | Fila 1 
*Fila 2* | Fila 2

Salida

Columna 1 Columna 2
Fila 1 Fila 1
Fila 2 Fila 2